Ngày 20/04/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 2539/CT-CS giải đáp vướng mắc về chính sách thuế và hóa đơn cho một doanh nghiệp sản xuất tại Đồng Tháp. Đây là hướng dẫn quan trọng giúp doanh nghiệp tự xác định đúng nghĩa vụ thuế GTGT và TNDN, tránh lập hóa đơn không đúng bản chất hoạt động.

1. Nguyên tắc lập hóa đơn và thuế GTGT

Căn cứ Khoản 1 Điều 4 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (đã được bổ sung bởi điểm a Khoản 3 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP), doanh nghiệp phải tuân thủ nghiêm ngặt nguyên tắc lập, quản lý và sử dụng hóa đơn.

Điểm mấu chốt là doanh nghiệp phải "tự xác định" bản chất: hoạt động phát sinh có phải là bán hàng hóa hay cung cấp dịch vụ phục vụ sản xuất kinh doanh hay không.

Kịch bảnNghĩa vụ hóa đơn & thuế GTGT
Hoạt động phục vụ sản xuất kinh doanhBắt buộc lập hóa đơn, tính thuế GTGT theo Nghị định 123/2020 (bổ sung bởi Nghị định 70/2025). Được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đủ điều kiện tại Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
Hoạt động KHÔNG phải bán hàng/dịch vụ phục vụ kinh doanhKhông lập hóa đơn, không tính thuế GTGT.
Lưu ý: Việc bỏ sót hóa đơn ở kịch bản 1 dẫn đến rủi ro bị truy thu và xử phạt trốn thuế. Ngược lại, xuất hóa đơn sai bản chất ở kịch bản 2 có thể dẫn đến rủi ro về hóa đơn khống hoặc lãng phí chi phí thuế không cần thiết.

2. Căn cứ xác định chi phí được trừ khi tính thuế TNDN

Để xác định các khoản chi phí hợp lý khi quyết toán thuế TNDN năm 2026, doanh nghiệp cần đối chiếu:

  • Khoản 4 Điều 3 Thông tư 25/2018/TT-BTC — điều kiện về chứng từ, hóa đơn và bản chất kinh doanh.
  • Khoản 1 Điều 9 và Điểm d Khoản 4 Điều 10 Nghị định 320/2025/NĐ-CP — quy định mới nhất, yêu cầu chuẩn bị kỹ hồ sơ chứng minh trước khi quyết toán năm.

3. Hướng dẫn thực thi

  • Đối với doanh nghiệp: Tự rà soát, đối chiếu bản chất thực tế của các hoạt động tại đơn vị với quy định pháp luật để xác định nghĩa vụ thuế phù hợp.
  • Đối với cơ quan thuế địa phương: Căn cứ hồ sơ thực tế và tình hình hoạt động của doanh nghiệp để hướng dẫn người nộp thuế thực hiện đúng quy định.

Kết luận

Công văn 2539/CT-CS khẳng định nguyên tắc "tự xác định" và "trọng tâm bản chất" trong việc lập hóa đơn. Việc nắm vững các dẫn chiếu từ Nghị định 123, 70 và 320 giúp bộ phận kế toán vững vàng hơn trong quản trị rủi ro thuế — thay vì áp dụng máy móc quy định cũ, cần thẩm định bản chất từng giao dịch trước khi phát hành hóa đơn.